L'ufficio di Segreteria Generale è retto dal segretario generale, dipendente pubblico di ruolo presso l'ex Agenzia dei segretari comunali e provinciali, attualmente unità di missione del ministero dell'Interno.
Il segretario svolge compiti di collaborazione e funzioni di assistenza giuridico-amministrativa nei confronti degli organi dell'ente in ordine alla conformità dell'azione amministrativa alle leggi, allo statuto ed ai regolamenti.
In assenza del direttore generale, il segretario sovrintende allo svolgimento delle funzioni dei dirigenti e ne coordina l'attività.
Il segretario altresì :
a) partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del consiglio e della giunta e ne cura la verbalizzazione;
b) esprime il parere di cui all'articolo 49, in relazione alle sue competenze, nel caso in cui l'ente non abbia responsabili dei servizi;
c) può rogare tutti i contratti nei quali l'ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;
d) esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal sindaco o dal presidente della provincia;
e) esercita le funzioni di direttore generale nell'ipotesi prevista dall'articolo 108 comma 4.